Ocupó este puesto del 27 de agosto de 2015 al 7 de septiembre de 2016. Tras un año como secretario de Desarrollo Social fue designado como titular de Hacienda, puesto en el que se desempeñó hasta que fue electo como candidato presidencial del PRI en 2018
Tras desempeñarse como subsecretario de Gobernación llegó a la Sedesol el 7 de septiembre de 2016, tras la salida de José Antonio Meade. Era considerado uno de los hombres de confianza del expresidente Enrique Peña Nieto. Renunció a la Sedesol el 10 de enero de 2018
Tras la renuncia de Miranda Nava, Pérez Magaña, entonces subsecretario de Desarrollo Social y Humano de la Sedesol, asumió el cargo hasta el fin de sexenio de Peña Nieto